Очень распространненая беда, но решение есть, далее действуем по пунктам опытным путем.
1) Снимаем пластиковую рамку крепления номера - проклеиваем ее с обратной стороны чем-то подобным на поролон или двухстронний скотч - ставим назад. Первый источник шума побежден.
2) Открываем крышку багажника - на ней есть по краям резиновые упоры-ограничители. Выкручиваем их попарно против часовой стрелки по одному обороту и проверям эфект. Крышка должна нормально открыватся закрываться, но при этом сидеть достаточно плотно - чтобы не греметь на кочках. Второй источник шума побежден.
3) Ну и самое главное. Открываем крышку багажника. Там, где замок - на кузове машины есть ответная скоба - за которую замок цепляется. Берем обычную изоленту - синюю или черную по вкусу - и делаем пару витков вокруг скобы.
P.s. Если не победили, тогда нужно разобрать пол-машины и искать злостного мерзкого багажного скрипуна.